Սերժ Սարգսյանի անձը անմիջականորեն կապված է նաև 1996 թվականի նախագահական ընտրություններին հաջորդող իրադարձությունների հետ: Մասնավորապես, 1996թ. սեպտեմբերի 26-ին ՀՀ նախագահի թեկնածու Վազգեն Մանուկյանի գլխավորությամբ բողոքի գործողություններ իրականացնելու համար փողոց դուրս եկած հազարավոր ցուցարարներ, կոտրելով ՀՀ Ազգային ժողովի շենքի դարպասները, մտան ներս:
Արձանագրվեցին բախումներ շենքը հսկող զինված անձանց և ցուցարարների միջև, ծեծի ենթարկվեցին բազմաթիվ պատգամավորներ: Այդ ժամանակ ՀՀ Ազգային անվտանգության ծառայության պետն էր Սերժ Սարգսյանը, ում ղեկավարած կառույցը, ըստ էության, պետք է ապահովեր շենքի անվտանգությունը:
Կրակահերթերի հետևանքով վիրավորվում և սպանվում են բազմաթիվ քաղաքացիներ, երկրում հաստատվում է ռազմական դրություն: Արդյունքում Լևոն Տեր-Պետրոսյանը երկրորդ անգամ դառնում է ՀՀ նախագահ:
Ըստ շրջանառվող լուրերի՝ կրակելու հրաման է տվել այդ ժամանակ Ներքին գործերի նախարար Վանո Սիրադեղյանը: 2011 թվականի հոկտեմբերի 11-ին Երևանի Ազատության հրապարակում Հայ ազգային կոնգրես շարժման հանրահավաքի ժամանակ Լևոն Տեր-Պետրոսյանը հայտարարել է, որ կրակահերթեր արձակելու առաջարկով իրեն է դիմել անձամբ Սերժ Սարգսյանը:
